Ich habe beim Migrieren nicht den gesamten Profilordner von einem Rechner auf den anderen gezogen, weil ich nicht wußte, ob das so einfach geht.
Ich habe lediglich die Mails selber kopiert, also was jetzt in deinbenutznername/library/thunderbird/profiles/xyz234oderso/mail/Local Folders/ (letzterer Ordner kann natürlich auch ein anderer sein) drinsteckt.
Das solltest Du auch jetzt noch machen können.
Wenn dabei Ordner gleich heißen - mindestens Postein- und -ausgang werden das sein, mußt Du halt vor dem Zusammenkopieren einen der beiden Ordner umbenennen, vielleicht eine 1 dranhängen an den Namen oder so.
Ob Du nun die jetzt existierenden umbenennst oder die, die Du aus Deiner alten Windows-Installation übernimmst, ist letztlich wurscht. Ich würds wohl so machen, daß ich die Windows-Mails auf den Mac kopieren und umbenennen würde. (Und das Backup weiterhin gut verwahren!)
Nachdem Du jedenfalls alles in den Ordner Local Folders (oder wie Deine Mail-Ordner auf dieser Ebene heißen) gezogen hast, solltest Du dann Thunderbird starten und manuell alle mails, die zusammengehören, zusammenführen, also z. B. alles aus "inbox 1" in "inbox" kopieren, und dann den leeren Ordner löschen.
Ob durch das Rüberkopieren des gesamten Profilordners bei Deinem Thunderbird auf dem Mac irgendetwas generell durcheinander sein kann, das weiß ich nicht, da können Dir hier einige Experten sicherlich besser helfen.
Wenn Du auf Nummer sicher gehen willst, könntest Du auch nochmal Deine jetzigen, vorhandenen mails in Thunderbird/Mac sichern, Thunderbird nochmal komplett neu und ohne irgendeinen Kontenimport installieren und dann sowohl Deine bis jetzt gesammelten Mac- als auch Windowsmails rüberkopieren.
EDIT: Während ich das hier geschrieben habe, haben sich schon einige Experten zum Thema geäußert. Ich lösch meinen Beitrag trotzdem nicht, empfehle aber, bei abweichenden Vorschlägen zur Vorgehensweise auf die Poster über mir zu hören!