Es liegt am Zusammenspiel zwischen Thunderbird und dem Server.
Oft werden Server anders programmiert und Thunderbird kommt damit nicht zurecht, weil solche Änderungen nicht protokoll-gerecht sind. Es scheint unmöglich für Thunderbird, gegen alle Eventualitäten gefeit zu sein. Das gleiche Problem mit IMAP haben die meisten anderen Mailklienten auch, es sind dort nur andere Symptome.
z.B. gehört Googlemail zu diesen Servern, weil dieser nur einen "realen" Ordner hat, nämlich "Alle Nachrichten".
Alle anderen Ordner und die Mails darin sind nur virtuell, also Spiegelungen, außerdem passen die sog. Label eigentlich nicht in das IMAP-Format. Googlemail hat einige Ordner doppelt und die kann man auch nicht löschen, jeweils einen für Mails die auf dem Server in den Papierkorb/Entwürfe/Gesendet geschoben werden und einen Satz für Mails in Thunderbird. Schon mal versucht in Googlemail Mails zu löschen? Na gut, ist ja hier kein Thema.
Gruß