Hallo,
kann es sein, dass du IMAP Konten hast und in Extras>Konten-Einstellungen>%Accountname%>Server-Einstellungen den Haken "Sofort löschen" gesetzt hast?
Ok, bei POP Konten gibt es das auch nicht.
Hast du globale oder separate Kontoführung? Prüf mal auch die lokalen Ordner und schiebe mal eine Mail per Drag&Drop oder Rechtsklick>Kopieren in einen Papierkorb, wird das angezeigt?
und oft hilft ein Rechtsklick>Eigenschaften>Index wiederherstellen auf den Ordner
FAQ:Korrupte Indexdateien
Lass dir mit Hilfe des Addons Extra Folder Columns mal die Ordnergröße anzeigen
Hast du denn im Hauptfenster links die Konten alle einzeln aufgeführt oder sind alle Mails im lokalen Ordner?
Das mit in den Papierkorb verschieben funktioniert nicht, bzw. wird nicht angezeigt.
was bitte heißt "funktioniert nicht"? Was passiert denn? Wie genau gehst du vor?
Bitte denke daran: Glaskugeln sind teuer und Kartenlegen dauert zu lange und ich kann deshalb nicht sehen, was du tust... 
Was zeigt das Addon bei der Anzahl der Mails und der Größe der Datei an?
Starte mal im Thunderbird-SafeMode (Abgesicherter Modus) und teste.
Wenn auch das nichts hilft, beende TB, gehe in den Profilordner (der mit den 8_wilden_Buchstaben.default, wobei default auch sonstwie heißen kann, z.B. ghw63k9g.default oder ghw63k9g.MeineMails...) und lösche (oder benenne um) die Dateien trash (ohne Endung) und lösche alle Dateien trash.msf
Zumindest der SafeMode und auch das Installieren des Addons sind nicht wirklich schwer.
Du kannst das Addon runterladen, also auf dem PC speichern, dann in TB auf Extras>Addons und dort auf installieren gehen und das Addon auswählen. Nach der Installation und einem Neustart kannst du dann in der Kontenübersicht oben mit dem kleinen Tabellensymbol die Spalten einblenden lassen und siehst dann die Anzahl der Mails und die Größe.
