Ich habe heute morgen exakt dasselbe problem gehabt. Kann dir leider nicht erklären wieso. möglichweise ein Fehler von mir gestern abend (bin aber relativ sicher, dass nicht).
Nach ein bisschen einlesen habe ich leider nicht mehr gefunden als folgende Information:
https://www.thunderbird-mail.de/lexicon/:Gel%C…iederherstellen
Mit dem dort verlinkten tool kannst du die "verlorenen" pop3-mails wieder herstellen. Wie es am besten mit den IMAPs geht habe ich noch nicht heraus gefunden.
Viele Grüsse
GutenAbend und willkommen im thunderbirdforum!
Die Kontoart, ob Pop oder Imap wäre schon eine wichtige Information, um Dir besser Hilfe leisten zukönnen.
Wie ich grad schon in einem Beitrag schrieb: Posteingang sollte immer möglichst leer sein, die Mails, die Du aufheben willst, sollten in Unterordner abgelegt werden. Also, falles Dir gelingt, alle Deine Mails wiederzufinden, dann bitte schnell ab mit ihnenin Unterordner.
1. Möglichkeit: Kontextmenü Eigenschaften Schalter reparieren.
2. Möglichkeit: Thunderbird schließen und in c:\dokumente und Einstellungen\username\anwendungsdaten\thunderbird\profiles\8wildebuchstaben\kontoname\mail bei Pop und Imapmail bei Imap, die Dateien mit der Endung .msf löschen, aber nur die, die ohne Endung müssen dableiben, sonst sind die Mails wirklich fort.
Und wie sowas entstehen könnte? Der Posteingangmuss bei jedem neuen Mail abholen neu geschrieben werden, und je größer der ist, desto leichter ist es, dass sich Fehler einschleichen, und dann kommt der Index durcheinander und schon sind die Mails wohl noch da, aber werden entweder gar nicht oder falsch angezeigt.
Die Indexdateien mit der Endung .msf werden neu erstellt, sobald Thunderbird wieder neu gestartet wird, also wäre der Index durcheinandergeraten müsste er neu erstellt werden, das ist der Sinn hinter dem Löschen der .msf-Dateien. Wenn Deine Inbox 0 Bytes hat, sehe ich allerdings schwarz für Deine Mails, denn da ist ja dann nichts mehr drin.
Schau mal doch im Archiv, vielleicht hast Du ja zufällig mal ein a gedrückt und sie sind ins Archiv abgetaucht.
Wenn Du die .msf-Dateien löscht, löscht Du keine Mails, aber wenn die Inbox 0 Bytes hat, kann ich mir nicht recht vorstellen, wo Du die Mails hingebracht hast, denn selbst wenn Du sie gelöscht hättest, wären sie noch da, weil Thunderbird ja erst die Mails endgültig entsorgt, wenn Du komprimierst, aber dass die Inbox, ohne dass Du komprimiert hast, zumindest hast Du davon nichts geschrieben, 0 Bytes hat, lässt mich eher darauf schließen, dass ein Virenscanner über Dein Profil hergefallen ist.
Das ist nicht gut. Du solltest Dein Profil immer als Ausnahme definieren, sodass Dein Virenscanner nicht darin herumwerken darf, denn vermutlich hat er das getan und Deine Mails bzw. Deine Inbox zerstört 
Danke für die Rückmeldung, wenn die Sache leider auch nicht ganz gut ausgegangen ist.
Hallo,
Ja, AVG wirkt bei mir immer im Hintergrund!
in Ergänzung zu Rothaut solltest du diesbezüglich folgende Informationen beachten:
Antivirus-Software - Datenverlust droht!
http://sicher-ins-netz.info/wuermer/mailbox.html
http://agsm.de/forum/viewforum.php?f=14
