Bei mir hat folgende Lösung für das beschriebene Problem funktioniert:
- Gruppierte Ordner ausschalten (Click auf Menü Ansicht -> Ordner -> alle)
- Thunderbird schließen
- im Profil die Ordner <Profil>\Mail\smart.mailboxes und <Profil>\Mail\do.not.know löschen (oder besser umbenennen, um sie sicherheitshalber auch wieder revitalisieren zu können).
- Thunderbird neu starten
- Gruppierte Ordner einschalten (Click auf Menü Ansicht -> Ordner -> Gruppiert)
und schwupps sind wieder alle Mails im Posteingang und Thunderbird hat die beiden gelöschten/umbenannten Verzeichnisse selbst neu erstellt.
(durchgeführt mit Thunderbird V3.1.16, POP-Konten, Windows XP Professional)