Da Gmail auch im deutschsprachigen Raum zu den größten Mailprovidern gehört und das Problem hier im Forum nur am Rande (und wohl fälschlicherweise unter Verweis auf Probleme mit CCleaner) angesprochen wurde:
Die aktuelle Version 52.2.0 führt derzeit bei einer Vielzahl von Gmail-Nutzern mit IMAP-Konto zu Schwierigkeiten und ist nicht benutzbar. Mit dem Update auf 52.2.0 wird das lokale Gmail-Konto in Thunderbird in unregelmäßigen Abständen (bei mir bei rund jedem fünften Programmaufruf) gelöscht. Im Anschluss richtet es sich bei mir ohne Nutzereingabe von selbst neu ein und lädt Ordner, Kopfzeilen und Mails herunter, bis alles bei einem künftigen Aufruf erneut gelöscht wird. Mails und Ordnerstruktur auf den Gmail-Servern bleiben zum Glück unangetastet. - Gelöscht werden offenbar auch persönlich eingerichtete Filter.
Das Problem ist noch nicht behoben, es gibt keine bestätigte Lösung. Einzige sichere Abhilfe scheint derzeit die Installation der Vorgängerversion 52.1.1 zu sein. Danach hat bei mir alles wieder wie gewohnt funktioniert. Da ich allerdings nicht ausführlich das Changelog hinsichtlich Sicherheitslücken studieren will, verzichte ich momentan auf die Installation von Thunderbird und arbeite bis zum Erscheinen einer fehlerbereinigten Version mit dem Gmail-Webinterface.
Probleme mit CCleaner in Zusammenhang mit Thunderbird oder anderen Programmen mag es geben oder mal gegeben haben. Beim vorliegenden Problem gibt es aber keinen bestätigten Zusammenhang.
Wer mehr wissen will, findet hier Mozilla-Bug-Berichte und andere Informationen zum Fehler:
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1374244