Profile sind noch nie verschwunden. Thunderbird hat sie nur manchmal nicht mehr gefunden. Ob daran immer die Virenscanner Schuld sind, kann ich nicht sicher sagen - die Scanner verrichten aber nicht nur Gutes.
Was tatsächlich verschwindet sind einzelne Mbox-Dateien:
https://www.thunderbird-mail.de/hilfe/dokumentation/mboxformat.php
https://www.thunderbird-mail.de/hilfe/dokumentation/antivirus.php