Prinzipiell würde ich davon dringend abraten. Da Du damit (technischen) Datenverlust umso eher provozierst und beim Verlust der dann nur noch einen Mbox-Datei gleich alle Mails verlierst.
Wenn Du Dich nicht abhalten lassen willst, dann kannst Du einen virtuellen Ordner in Thunderbird erstellen, für den Du die Einschluss-/Suchkriterien so auswählst, dass er halt alle Mails findet und der in allen Ordnern "suchen" soll. In dem virtuellen Ordner könntest Du dann alle Mails markieren und in Deinen gewünschten einen echten Zielordner verschieben.
Ach ja, vielleicht wäre der "flache" virtuelle Ordner ja auch so eine Lösung für Dein Anliegen, ohne die Mails tatsächlich alle in einen echten Ordner zu speichern, was man halt lieber nicht machen sollte.
Genau dabei kann Dir ebenfalls der virtuelle Ordner helfen. Du könntest für den virtuellen Ordner die Suchkriterien beispielsweise so festlegen, dass er alle Mails eines Kalenderjahres findet. Und diese Mails kannst Du dann auf einen Schlag in den gewünschten Zielordner verschieben. Und da Du vom Archiv sprichst, könntest Du Thunderbirds eigene Archiv-Funktion nutzen, für die Du in den Konten-Einstellungen festlegst, dass pro Jahr ein Ordner genommen werden soll.
