Also ich habe mir den Ordner noch mal genauer angeguckt, da fehlten 5 Ordner, die er (warum auch immer) nicht mit rein kopiert hat.
Genau um die geht es! Aber ich verstehe nicht, wieso ausgerechnet die Ordner nicht mit kopiert wurden, als du eine Kopie des kompletten alten Profilordners erstellt hast.
ich auch nicht. Vor allem, ich habe das ganze Prozedere ja schon mal gemacht vor kurzem und da lief das alles reibungslos ab und jetzt son Kuddelmuddel.
Nun ist alles rüber kopiert und trotzdem fehlen die Ordner und Einstellungen des Email-Accounts. Hab das jetzt mal eben so gemacht, jetzt zieht er sich alles runter von den letzten drei Monaten ... da kann ich dann gleich bißchen hin und her sortieren und kopieren. Dann ist das eben so, gibt schlimmeres.
Also danke an alle die sich beteiligt haben und natürlich ganz besonders dir für deine Mühe Mapenzi 
Nun ist alles rüber kopiert und trotzdem fehlen die Ordner und Einstellungen des Email-Accounts.
Normalerweise müssten mit der alten Datei prefs.js auch deine alten Konten wieder erscheinen.
Wenn ich richtig verstehe, hattest du ein POP-Konto. Musstest du es neu anlegen und falls ja, hast du es ebenfalls wieder als POP-Konto angelegt? Oder vielleicht versehentlich als IMAP-Konto?
Welche Ordner fehlen denn?
Ich bin sicher, dass sich die Mailbox-Dateien der fehlenden Ordner noch irgend wo in deinem Backup befinden. Leider hast du ein solches Chaos angerichtet, dass es vielleicht nicht so einfach sein wird, sie wiederzufinden. Trotzdem würde ich noch nicht aufgeben, weil ich mir einfach nicht vorstellen kann, dass du bei all deinen Manipulationen mit dem Profil deine alten Nachrichtendateien gelöscht hast.
Kannst du noch folgende Screenshots machen?
Inhalt des Ordners pop.xxx.xx im aktuellen Profil in ...\wtaozw6l.default\Mail\
Inhalt des Ordners pop.xxx.xx in \wtaozw6l.default\Mail\ im Backup des alten Profils
EDIT:
ich komme nochmal zurück auf meinen Beitrag #12, in dem ich dich unter 1. gebeten hatte, den Ordner "Thunderbird" aus dem übergeordneten Ordner "Thunderbird" auf den Desktop zu verschieben, aber nicht zu löschen. Auch diesen verschobenen "Thunderbird" Ordner sollte man darauf untersuchen, ob sich darin eine Kopie (oder das Original?) des alten Profilordners befindet, der noch deine alten Nachrichtendateien enthält. Also in diesem Ordner Thunderbird nach \Profiles\xxxxxxxx.default\Mail\ gehen, und falls sich darin ein Kontenordner "pop.xxx.xx" befindet, diesen darauf untersuchen, ob Mailbox-Dateien wie Inbox, Sent, Drafts, Trash usw von nennenswerter Grôße enthält.
Hab es jetzt tatsächlich geschafft, alles wieder da
alles wieder da
Darüber kann ich mich natürlich nur freuen 
Aber ich bin auch neugierig, wie und wo du deine alten Nachrichtendateien gefunden hast und wie du sie ins aktuelle Profil integriert hast.
Hast du vielleicht sogar eine intakte Kopie deines alten Profils von vor der Neuinstallierung von Windows gefunden?
Ich habe über CMD diesen Befehl "C:\Program Files (x86)\Mozilla Thunderbird\thunderbird.exe" -P eingetragen und die Profile neu geladen. Die Anführungszeichen habe ich mit eingetragen.
