Pw wird wieder verlangt! Ich habe auf elbcrxz8.default nachgesehen: die relevanten Dateien sind nicht neu angelegt worden.
Dein Faden wird allmählich zum Dauerbrenner 
Kann es ein Zusammenhang geben mit einem Fenster, das regelmäßig nach Eingabe des Pw in Tb aufgemacht wird: "Ordner komprimieren
Ich glaube nicht an einen Zusammenhang. Auf der anderen Seite habe ich noch nie einen so widerspenstigen Passwort-Manager gesehen. Also würde ich im Zweifelsfalle doch einmal die Ordner komprimieren, zumal es sich dabei um eine "Hygienemaßnahme" handelt, die dazu dient, die Mbox-Dateien gesund zu erhalten. Lies dir dazu doch mal den Hilfe-Artikel Ordner komprimieren durch.
Wenn man insbesondere die Ordner Posteingang und Gesendet nicht regelmäßig komprimiert, werden die entsprechenden Mbox-Dateien Inbox und Sent irgend wann zu groß und können beschädigt werden.
Das Komprimieren der Ordner in Thunderbird löscht keine Nachrichten. In einem Fall wie deinem würde ich aber vorher eine Sicherungskopie des Profilordners von TB machen (was ein sicherheitsbewusster Benutzer selbstverständlich regelmäßig und ohne vorherige Aufforderung macht!).
Habt ihr noch einen Pfeil im Köcher?
Natürlich fällt mir dazu noch die Antiviren-Software ein, aber ich vermute mal, dass du als Linux-£User keine installiert hast.
Ansonsten wäre es allmählich an der Zeit, ein neues Profil anzulegen, nachdem wir nun schon 40 Tage an diesem Problem herum laborieren.
Profil-Manager - Profile verwalten, erstellen und löschen
NACHTRAG:
gerade bin ich im amerikanischen Mozilla-Forum über diesen Faden [SOLVED] Moving from windows to ubuntu: passwords lost gestolpert, der eine vage Ähnlichkeit mit deinem Problem hat.
Bevor du dich an den Test in einem neuen Profil begibst, schlage ich vor, bei beendetem Thunderbird die Datei "pkcs11.txt" aus dem Profilordner zu entfernen, TB neu zu starten und zu versuchen, die Passwörter einzugeben.
