Ich habe genau das gleiche Problem, festgestellt bei TB 68.3.1 und Lightning 68.3.1.1 unter Windows 10 Prof..
Folgendes schuf Abhilfe:
- Thunderbird schließen,
- Im Thunderbid-Profilordner den Ordner startupCache löschen.
Danach waren alle Kalender wieder da - sowohl nach einem Neustart des Rechners als auch nach Beenden und Neustarten von Thunderbird.
Damit ich das aber nicht jedes Mal tun muss, habe ich die Dateien in diesem Ordner gelöscht und den Ordner schreibgeschützt (Ordner-Eigenschaften - Tab "Sicherheit" - Button "Bearbeiten..." - "Authentifizierte Benutzer" markieren - in der Spalte "Verweigern" das Kästchen bei "Schreiben" anhaken - Button "OK")