Handelt es sich um ein Konto, dass kostenlos im Rahmen Deines T-Online Internetanschluss dabei ist? Dann dürfen maximal 1000 Mails pro Ordner sein sein. Dazu zählen auch solche, die womöglich unsichtbar sind, wenn irgend ein Client die Mails nur als gelöscht markiert, aber nicht expunged hat.
Stelle in Thunderbird in den Konten-Einstellungen das löschen Mal vorübergehend so ein, dass nur als gelöscht markiert wird. Dann kannst Du sehen was da so an Schrott noch in den Ordnern ist.