Also, ich hab das Problem gerade auch gehabt. Ich hab Thunderbird von Version 26.xxx auf 91.1 aktualisiert. Danach wurde das Passwort nicht mehr gespeichert. Die Einstellungen waren alle korrekt.
Ich hab etwas ausprobiert und habs nun geschafft den Fehler abzustellen. Ich bin in mein Thunderbird Profil rein und hab alle Dateien mit Änderungsdatum < 2018 mal in einen neuen Ordner geschoben und dann Thunderbird gestartet. Dadurch hats dann geklappt. Die Dateien hab ich anschließend wieder zurück geschoben und alle neuen Dateien ersetzt.
Falls mal wieder jemand das Problem haben sollte kann er das ja so probieren.