OK, ich habe in der Zwischenzeit weiter geforscht und mein gesichertes Profil im mbox-Format unter die aktuelle Thunderbird-Version geschoben. Und siehe da: Alle Filter daraus funktionieren.
Dann habe ich eines der Mailkonten auf maildir umgestellt - und schon funktionieren die Filter nicht mehr.
Zurückgestellt auf mbox - und alle Filter funktionieren wieder.
"Maildir ist standardmäßig deaktiviert, da dieses Format noch viele Fehler enthält. Es ist noch nicht zu 100% ausgereift zur Verwendung für alle Nutzer."
Und weiter:
"Warnung: Aktivieren Sie Maildir nur, wenn Sie als erfahrener Anwender ausreichende Erfahrung im Umgang mit der Sicherung und Wiederherstellung von E-Mails in Thunderbird haben und wissen, dass Sie den Verlust Ihrer Daten riskieren. Andernfalls empfehlen wir Ihnen, zur Vermeidung von Datenverlusten Maildir deaktiviert zu lassen."
https://support.mozilla.org/de/kb/maildir-format-thunderbird