Ich mache es so: Ich notiere mir die Einstellungen der user.js, lösche dann die user.js und setze dann die Einstellungen in about:config (Konfigurationseditor) auf die Standardwerte zurück
Das musst Du mir nicht erzählen, ich mache das bei einer einzelnen Pref auch so, aber bei mehreren editiere ich in der Tat nach einem Backup die prefs.js.