Thunderbird 115.10.1 (64-Bit) / Windows 11 Pro 23H2 22631.3527 (mein Problem besteht aber schon seit langem)
Meine 14 Pop3-Konten habe ich gruppiert - die Inhalte erscheinen korrekt gemeinsam als "Lokal" (=Name des Ordners).
ZUSÄTZLICH erscheinen aber die meisten dieser Pop3-Konten (je nach PC nicht alle !) sowie die beiden IMAP-Konten trotzdem separat als Unterordner von Posteingang und Papierkorb. Das ist irreführend, da die Nachrichten nur beim Klicken auf den "Lokal"-Unterordner gelistet werden, nicht wenn man auf den Namen einzelner Pop3-Konten klickt.
NB: Bei Entwürfen, Gesendet usw. werden richtig nur Lokal und die beiden IMAP-Konten gelistet (die .msf-Datei enthält nur diese).
Gewiss ist das ein Überbleibsel von früheren TB-Versionen, aber wie bringt man die überflüssigen Konten-Namen nun zum Verschwinden von der Liste ?
Ich habe versucht, die beiden .msf-Dateien zu editieren (Löschen der unerwünscht gelisteten Konten) , aber Thunderbird "repariert" diese Dateien wieder beim Start. Offensichtlich beherrsche ich das Format der .msf-Dateien nicht [<(80=1)(81=0)(82=1000)(86
=mailbox:// ……… |mailbox://nobody@\ <CR> smart%20mailboxes/Inbox)]. Auch das Löschen aller .msf-Dateien hilft nicht, Thunderbird speichert offensichtlich irgendwo Backups davon. 
PS: Auf einem anderen PC ist es mir vor einiger Zeit gelungen, nach etlichen Fehlversuchen das Problem durch Editieren der .msf-Dateien zu lösen. Aber wenn ich diese korrekten Dateien zum anderen PC kopiere, werden sie durch Thunderbird nicht akzeptiert und wieder überschrieben.
NB: es gibt zwar eine Funktion
Posteingang ¦ Eigenschaften ¦ Diese Ordner durchsuchen: 18 Ordner ausgewählt ¦ Durchsuchen
Jedoch erscheinen da nur die 3 korrekten, aber nicht ausgewählten Ordner !
Man kann also gar nichts abwählen…