Ja, tut es. Die Dateien heißen folderTree.json und folderCache.json. Speziell letztere könnte Informationen enthalten, die dein Problem erklären könnte. Vielleicht mal (bei geschlossenem TB) umbenennen, vorsichtshalber aber nicht löschen.
Beides umbenannt, wurden neu erzeugt, brachten aber keinen Erfolg, ursprüngliches folderTree.json wiederhergestellt, da ich den lesbaren Verzeichnis-Icons eine andere Farbe gab.