Hallo,
werden die Mails beim Löschen in den Papierkorb "verschoben" - also das typische standardmäßige Löschen? Oder werden die Mails als gelöscht markiert, oder werden die Mails per Shift-Entf sofort gelöscht. Wenn der Papierkorb genutzt wird, dann schalte doch mal probeweise in den Server-Einstellungen um, so dass "nur" als gelöscht markiert wird. Was passiert dann? Was passiert, wenn Du beliebige Mails in den Papierkorb hinein kopierst?
Ach ja, passiert das bei mehreren Konten/Papierkörben? Wenn es nur einer ist, könnte man die zugehörige Dateien Trash und Trash.msf im Dateisystem mal entsorgen, so dass diese beim nächsten Thunderbird-Start wieder neu erstellt werden.
Ist natürlich alles nur Ausprobiererei, aber manchmal kommt man so zum Ziel...