Hi!
Nach dem nächsten Update wurde bei mir das bestehende Icon wieder nicht aktualisiert sondern verdoppelt. Hatte deswegen einen Bugreport gestartet:
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=679680
und mit nem Entwickler das Problem gesucht. Das Problem lag an einem kleinen, winzigen Detail und zwar am Kompatiblitätsmodus der helper.exe. Wer das gleiche Problem hat sollte mal schauen ob der Kompatibilitätsmodus seiner helper.exe in folgendem Pfad gesetzt ist:
x:\Pfad\zu\Mozilla Thunderbird\uninstall\helper.exe
Bei mir stand der auf Windows Vista, obwohl ich den auf der Datei nie gesetzt hatte. Entfernt einfach das Häckchen bei "Programm im Kompatibilitätsmodus ausführen für" und schon sollte dieses Problem nicht mehr auftreten.