Na dann haben wir's ja.
Bei dir wird für die eingebetteten Videos als Fallback auf HTML5 zurückgegriffen, da du - wie oben erwähnt - sämtliche Plugins deinstalliert hast. Analog verhält sich jetzt auch mein TB, wenn ich ihm das Shockwave Flash Plugin deaktiviere.
Ist zwar nicht ganz so elegant, da nun kein einziges Flash Element mehr angezeigt werden kann und ich eigentlich eher eine Präferenz im Sinn hatte (wenn Video, dann lade erst in HTML5; wenn nicht verfügbar, dann Flash; so verhält sich ja auch der Firefox). Aber das ist schonmal ne annehmbare Lösung.
Edit: Ah, doch, geht. Flash deaktivieren, im TB Rechtsklick auf ein HTML5 Youtube Video, "HTML-5 Videoplayer herunterladen" auswählen, anschließend Flash wieder aktivieren. Und schon hat er die HTML5-Präferenz bei Videos drin.