Also bei mir hat ein löschen der inbox-Datei und inbox.msf geholfen.
Dazu musst du einfach mal den Ordner in Thunderbird mit der rechten Maustaste anklicken und auf Eigenschaften gehen. Unter Adresse steht die Datei mit Pfadangabe die du löschen musst (falls du dein Profilverzeichnis nicht kennst).
Zusätzlich zur mbox-Datei die dort angegeben ist, musst du die zugehörige msf (also inbox.msf) löschen. Das ganze bei geschlossenem TB. Achte darauf, das weder ein Filter noch sonst irgendwas auf den Posteingang des lokalen Ordners verweist. Mails die die evtl. jetzt in diesem Ordner befinden musst du vorher verschieben.
schöne Grüße
Toolman
Edit: natürlich bei allen Arbeiten am Profil das Backup nicht vergessen!