Ich habe das Problem manchmal auch bei GMX.
Meines Erachtens liegt es daran, wenn ich zu oft nach neuen Emails sehe, weil dann der Server für wenige Minuten "zu" macht.
Soweit ich es bisher beobachtet habe, besteht das Problem mit den verschwundenen Emails nicht, wenn ich es beim automatischen Abholen der Kopfzeilen z.B. alle 15 Minuten belasse.