Mein Eindruck ist, dass [bei der Filterung] die .msf-Dateien falsch aufgebaut werden, nur warum?
Dann beende Thunderbird und lösch sie im Thunderbird-Profil.
Wäre ich vor deinem Computer, würde ich einige Sachen ausprobieren, die aber ein wenig Zeit kosten.
Tritt das Problem auch auf, wenn du nur statt der lokalen Ordner (ich bin übrigens kein Befürworter dieser Option, weil durch die Auslagerung aus dem Profil dieses nicht mehr homogen ist und bei der Datensicherung oder einem Restore Fehler passieren können) das komplette Thunderbird-Profil auf die NAS legen würdest?
Ich würde auch probieren, was passieren würde, wenn du dein Konto als IMAP verwenden würdest (POP braucht dabei nicht entfernt werden, nur sollte bei POP das Verbleiben der Mails auf dem Server aktiviert werden). OK, ich sage das so einfach, weil ich täglich mit solchen Sachen lebe. Wenn man das noch nie gemacht hat, kostet es viel mehr Zeit.
Gruß