Hallo,
hast Du mal diese Mails als "Junk" markiert, dann sollte das auch für zukünftige Mails so erkannt werden. Ob Mails vom Server gelöscht werden sollen oder auch nicht kannst Du in den Konteneinstellungen von Thunderbird einrichten. Außerdem müsstest Du auch direkt bei Deinem Postfachanbieter Mails löschen können.