Thunderbird Version 2.0.0.17 (20080914)
Das Thema ist zwar schon relativ alt, aber man findet es sofort auf der ersten Position, wenn man in Google nach Thunderbird Posteingang leer sucht.
Auch bei mir war der Posteingang plötzlich leer (nach einem Update des Kalenders auf Lightning 0.9 build2008091719). Geholfen hat bei mir Rechtsklick auf den Ordner Posteingang > Eigenschaften und dort dann den Button Index wiederherstellen im Tab Allgemein.