DIese Daten sicher man mit Mitteln des Betreibssystems ab, also seperate Windows-Benutzerkonten für die separaten Benutzer.
Das ist richtig und wichtig, reicht aber noch nicht aus, um sich gegen "Angreifer" mit physischen Zugriff auf's System zu schützen. Man sollte zusätzlich seine Platte verschlüsseln, damit sie auch nicht extern ausgelesen werden kann. Unter Windows lässt sich dazu beispielsweise der integrierte "Bitlocker" nutzen.
Zur Ursprungsfrage: Mit gesetztem Master-Passwort ist es in der Tat so, dass beim Start von Thunderbird eben dieses Passwort abgefragt wird. Die Sicherheit ist aber u.U. etwas trügerisch, denn man muss diesen Dialog nur häufig genug abbrechen, dann startet Thunderbird trotzdem. Was nun nicht funktioniert, ist das Senden und Abrufen von Mails, da das Master-Passwort die Passwörter der Email-Konten nicht "freigeschaltet" hat. Ein Zugriff auf alle schon gespeicherten Mails, Kalenderdaten und Adressbücher ist aber möglich. Ebenso können Mails oder sonstige Daten manipuliert (gelöscht) werden!
Fazit: Das Master-Passwort ist nur ein Baustein eines Datensicherheits-Konzeptes, alleine für sich genommen bringt es sehr wenig.