Es könnte auch ein Performance-Problem Deines Compuers sein. Sind andere Arbeitsschritte auch langsam und/oder ruckelt es an manchen Stellen?
Falls nicht: Möglicherweise weist Deine Festplatte einen Sektordefekt auf und es ist ein Sektor betroffen, auf dem nun zufällig die betroffenen Mails liegen. Dies könntest Du mit dem Programm HDTune prüfen (intensiver Test, dauert ein paar Stunden). Dies gilt aber nicht, wenn das Thunderbird-Profil auf einer SSD liegen sollte.