Wie gesagt - sorry, ich habs verpeilt (siehe ganz oben in meinem Thread).
Es war doch noch ein Harken bei einem Unterordner gesetzt. Dadurch waren wirklich noch mbox Dateien vorhanden. Eben diese hatte ich mit einem Texteditor geöffnet und darin Mails gefunden.
Nachdem ich die Harken entfernt hatte, klappts jetzt wie gewollt. Fands zwar komisch, dass ich das an meinem anderen Rechner nochmal einstellen musste (benutzte die portable Version und hatte es synchronisiert, was ansonsten auch bestens funktioniert). Auf jeden Fall ist jetzt alles in Butter.
PS: Wie ich vor langem schonmal an anderer Stelle gepostet habe, fände ich ein Plugin, dass die mail Ordner LOKAL verschlüsselt, sehr sehr sehr sehr gut. Für Nutzer der portable Version sollte das fast notwendig sein - wer seinen Stick verliehrt/geklaut bekommt will ja nie, dass seine Mails lesbar sind. Natürlich kann man anders Abhilfe schaffen (verschlüsseln... aber live-verschlüsseln geht ohne Admin Rechte leider nicht) oder eben die IMAP-Lösung wie ich sie momentan mache... aber optimal ist das nicht. So ein Plugin wäre wesentlich besser!