So, jetzt habe ich das Problem doch selbst gelöst.
Ich hatte ja den Pfad zum Abspeichern verändert und deshalb hat Thunderbird ein neues Profil erstellt (ohne Ordner und Kontos).
Ich konnte den ursprünglichen Pfad nicht wieder finden, weil ein Schreibschutz auf der Datei "Anwendungsdaten" war und ich sie nicht finden konnte.
Jetzt habe ich den ursprünglichen Pfad angegeben und es funktioniert wieder wie zuvor