Jetzt habe ich es komplett verstanden...
Stimmt - THB merkt sich nicht alle zuletzt geöffneten Unterordner, wenn man den Hauptordner schließt und danach neu startet. Hat mich bisher auch nicht sonderlich gestört. Ich habe Unterordner nur für das Hauptmailkonto eingerichtet und lasse für dieses Konto immer die Ornder offen, die ich benötige - die merkt sich THB auch nach einem Neustart. Bei den anderen Konten habe ich keine Unterkonten eingerichtet (bis auf eines mit Log-Dateien) - dort kontrolliere ich aber nur selten und muss dann die Unterordner öffnen.
Mir ist leider nichts bekannt, ob man in den internen Einstellungen dazu etwas ändern kann. Evtl. mal nachsehen unter http://kb.mozillazine.org/About:config_entries - der Server ist aber grad nicht erreichbar. Mal später dort nachsehen. Gib mal Bescheid, ob du dann dort was gefunden hast...