Hallo,
ich hatte auch die selben Probleme und habe lange nach einem Fehler gesucht.
Jetzt habe ich alle meine Ordner und Einstellungen wieder.
Probiert einmal aus:
Start - Programme - Mozilla Thunderbird - Profile Manager - Thunderbird-Benutzerprofil wählen
von Standard-Benutzer auf default ändern und mit Button Thunderbird starten.
Viel Glück