Ja, habe es gerade auch nochmal unter Windows Vista gecheckt. Dort ist der Menüdialog zum abspeichern etwas anders, wodurch dies nicht auftreten kann. Man kann in der Baumansicht ja nur Ordner auswählen, bei mir unter Xfce werden auch Ordnerinhalte des gerade aktiven Ordners angezeigt. Und wenn ich in dem gerade aktiven Ordner speichern möchte, gibt es nur einen Button mit dem Namen "Öffnen". Und wie oben beschrieben hat der auch die Funktion speichern, wenn ich in dem aktiven Ordner keinen weiteren Ordner makiert habe, ansonsten speichert der einfach im makierten unterordner, anstatt ihn zu öffnen...
Da ich das nun auch unter Ubuntu Linux testen konnte, ist das vermutlich nicht Gentoo spezifisch, daher nur die Änderung des Titels in "Linux:..."
EDIT: Der Bug bleibt unter Linux auch im SafeM
Gruß