Ralph Hiesl hat mir in der Newsgroup de.comm.software.mozilla.mailnews den entscheidenden Tipp zur Lösung gegeben:
Im Profil Verzeichnis -vorher Thunderbird beenden- bei jedem Account die Datei msgFilterRules.dat löschen (vorher natürlich vorsichtshalber in einem anderen Verzeichnis sichern). Dann TB neu starten und Filter anlegen. Das Problem war danach gelöst, die Filter blieben dann dauerhaft erhalten.
Norbert