Wahrscheinlich handelt es sich bei dem Problem darum, dass die eingegebene Passphrase in ANSI-Kodierung an gpg übergeben wird, allerdings zum Verschlüsseln der privaten Schlüssels die Passphrase in UTF-8 übergeben wurde. Das ist immer dann der Fall, wenn die Schlüsselpaare unter Linux generiert wurden (wenn die Locale entsprechend gesetzt ist) und dann unter Windows in den Keymanager importiert werden. (Umgekehrt ist natürlich das gleiche Problem vorhanden.) Ein anderer Grund dafür kann die Schlüssel-Erstellung mit dem PGP-Desktop unter Windows sein, da dort die Passphrase immer als UTF-8 String interpretiert wird.
Die Lösung für Dein Problem:
Unter Windows die Passphrase ändern. Dabei allerdings für die alte Passphrase die Zeichen in UTF-8-Kodierung eingeben (Bsp. für 'ä': Tastenkombination alt-0195 alt-0164 wird zu "ä", UTF-8 Tabelle: http://www.utf8-zeichentabelle.de/, ASCII-Zeichen ganz normal). Dann einfach die neue Passphrase wie gewohnt eingeben.
oder:
Unter Linux die Passphrase zu einer Folge von ASCII-Zeichen ändern(a-z,A-z,0-1, wenige Sonderzeichen). Dann unter Windows importieren und wieder zurückändern (diesmal ganz normal).