Natürlich sollte vorher ein Backup existieren in dem alle Mails syncronisiert sind.
Also bei meinem Test wird nach dem löschen von ImapMail im Profilorder das Verzeichnis neu erstellt und die Mails neu geladen.
Das löschen des Ordners sieht nach einer einfachen Lösung aus, allerdings fehlen die Filterregeln.
Diese sind unter ImapMail/*/ in der Datei "msgFilterRules.dat" und müssten separat gesichert werden.