Also das kann ich mit meinen GMAIL-Konten nicht nachvollziehen, bei mir werden lediglich die ungelesen-Markierungen in den "Labels" nicht automatisch entfernt, wenn die E-Mail im Posteingang angekuckt wird. Ich muss dann jedesmal erst in das Label bzw. in TB den Unterordner wechseln, damit das korrekt dargestellt wird.
Geht dein Problem eher in die Richtung?