Hallo,
danke für eure schnellen Antworten!
Ich hab in meinem Thunderbird die Symbolleiste über Rechtsklick -> Anpassen geändert und die Combobox mit "Ansichten" hinzugefügt.
Diese Combobox enthält einen Eintrag "Als virtuellen Ordner speichern..."
Daher konnte ich auf der obersten Ebene des Posteingangs diesen virtuellen Ordner erstellen.
Über Datei -> Neu klappt das sinnvollerweise nicht.
Mir scheint, als wenn man über das Ansichten-Feld vergessen hat, die Erstellung eines virtuellen Ordners wegzuriegeln, falls das auf dem aktuellen Ordner nicht möglich ist.
Jetzt hab ichs so gemacht, dass ich meinen virtuellen Ordner mit allen gekennzeichneten Emails als Unterordner von Lokale Ordner erstellt hab.
Geht zwar auch, aber als Unterpunkt vom Posteingang wärs natürlich schöner gewesen.
Naja, vielleicht dann mit Thunderbird 4.0 
Jetzt ist nur noch die Frage wie ich die "unsichtbaren" virtuellen Ordner wieder los bekomme.
Wenn ich in meinem Windows Explorer ins Verzeichnis <Profil>\Mail\smart mailboxes\Inbox.sbd\ schaue, sehe ich nämlich meine erstellen virtuellen Ordner als Dateien (immer ein Paar aus dem Namen selbst + Name.msf)
Eine Möglichkeit wäre die Dateien einfach zu löschen. Fragt sich nur, was ich damit alles kaputt mach 
Andererseits stören sie ja eigentlich nicht, da ich sie eh nicht seh.
Auf jeden Fall danke für eure Hilfe!
Gruß
LXS