Ich habe nun ein wenig herumexperimentiert.
Der Fehler taucht auch, wenn man mehrere Konton über den globalen Posteingang steuert. Sobald man in den erweiterten Konteneinstellungen diesen deaktiviert und für jedes einen separaten Posteingang wählt funktioniert es wieder, die Junkeinstellungen lassen sich dann speichern.
Als Workaround kann man also alle Konten erst separieren, die Junk-Einstellungen vornehmen und am Ende wieder die Konten in den Globalen Posteingang umleiten.
Wenn man es weiß eigentlich einfach. Evtl könnte sich trotzdem in den kommenden Versionen ein Programmierer deses Bugs annehmen.