Hallo Forum,
ich habe das gleiche Problem. Nach update auf 3.03 war einer der Unterordner weg (ebay) was ich aber erst entdeckte, nachdem ich schon eine böse mail an den Verkäufer geschickt hatte. Dann habe ich mit der Thunderbird-Suche nach 'ebay' gesucht und siehe da, es waren mails da. Mit Spotlight (Apple OS X10.6) habe ich dann ihren Speicherort gefunden. Sie landen in:
library / caches (! - nix thunderbird) / metadata / thunderbird und dann weiter wie bisher
Habe auch versucht einfach ein neuen Unterordner 'ebay' (der Filter existiert noch) zu erstellen, aber meine test-mails landen weiterhin in 'caches'.
Keine Ahnung was ich tun soll...
Hoffentlich beschränkt sich das auf mails von ebay.