Thunderbird erstellt alle Einstellungen und Daten in einem Profil-Ordner, so auch in der Portable-Version. Hier ist beschrieben, wie Sie ein zweites erstellen können:
Mozilla Thunderbird, Portable Edition Support | PortableApps.com
Dann können Sie die Anwendung mit dem neuen Profil starten. Es muss dann quasi von Null beginnen, d.h. die Konten müssten erneut eingetragen werden. Mir ist aktuell keine andere Möglichkeit bekannt. Es sollte dann möglich sein, zwischen den Profilen mit der Profile App hin und her zu wechseln. In der normalen Thunderbird hat das geholfen. Wenn Sie keine POP-Konten verwenden, wäre das eine Möglichkeit.