Das Problem liegt jedenfalls nicht an der GPG-Version.
Ich selbst arbeite mit SuSE-Linux und habe die Thunderbird RC2 sowie dazugehörige Enigmail aus dem SuSE-Repository installiert. Damit tritt auch der Fehler des überflüssigen Leerzeichens auf, welches die Entschlüsselung auf normalem Wege unmöglich macht, da Enigmail nicht imstande ist den Beginn des GPG-Blocks zu erkennen. Enigmail erzeugt, sofern man nicht PGP/MIME nutzt, ein überflüssiges Leerzeichen. Auf jeden Fall ein Bug.
Mit 3.0.4 klappts wunderbar.