Ich hatte ein das gleiche Problem (trotz angewählter Option Beim starten auf neue Nachrichten prüfen) , nachdem ich meine verschiedenen Mailkonten im globalen Posteingang zusammengefasst hatte.
Nach langem Wühlen in den Optionen habe ich schließlich das Problem wie folgt beheben können:
Unter Konteneistellungen ---> Servereinstellungen der einzelnen Konten ---> Erweitert
fehlte das Häkchen neben "Dieses Konto beim Abrufen von Nachrichten einschließen".
Seit ich das für alle Konten gesetzt habe, läuft es wieder reibungslos.
Ich weiß nicht, ob es bei Dir daran liegt, lieber Strombergradler, aber es wäre zumindest mal einen Blick wert, denke ich.