Soweit ich sehe, hat nichts davon etwas mit dem Problem zu tun, aber der Vollständigkeit halber hier also das volle Setup. Innerhalb des Benutzerverzeichnisses /home/user gibt es einen Unterordner .icedove (bzw. nach Update .thunderbird) mit einer Datei profiles.ini in der Folgendes steht:
[General]
StartWithLastProfile=1
[Profile0]
Name=default
IsRelative=0
Path=/home/user/external/mail
Der Pfad /home/user/external ist der Mountpoint einer Daten-Partition. Der Datenverlust geschah auf dieser Partition. Der Ordner /home/user/.icedove war davon nicht betroffen und hat aller Wahrscheinlichkeit nach schon länger keinen Schreibzugriff erfahren. Der Ordner /home/user/external/mail ist derjenige der verloren gegangen ist und (nach meinem Dafürhalten) identisch wieder hergestellt wurde.