Hallo Forum,
ich habe ein ähnliches Problem und weiß langsam nicht mehr weiter:
Ich habe mehrere IMAP und auch Pop3 Konten (TB3.1.1 / Win7 x64). Ich habe unter Einstellungen die Benachrichtigung eingeschaltet. Die funktioniert auch, nur nicht bei allen Konten 
Auf zwei IMAP Konten funktioniert die Benachrichtigung nicht. Auf anderen drei IMAP Konten funktioniert die Benachrichtigung jedoch.
Ich schätze es liegt daran, das zwar der Ordner "Posteingang" eine neue Mail anzeigt und sich auch blau färbt, aber der "Konto Ordner" bekommt das irgendwie nicht mit und bleibt ganz normal schwarz als wenn nichts wäre. Ich habe schon die Einstellungen zwischen den Konten wo es geht und wo es nicht geht verglichen, aber ich komme auf keinen grünen Zweig.
Ein Add-On zu dem Thema habe ich noch nicht probiert, möchte ich eigentlich auch nicht da mir die Standardfunktion eigentlich ausreicht.
Ich hoffe mir kann jemand helfen...
VG
Daniel