gleiches Problem bei mir unter Thunderbird/Icedove 3.0.6/auch bei 3.0.5 unter Debian. Ich habe 3 Pop Konten, dann ein Imap, dann Local Folders im Posteingang.
Im Posteingang der Ansicht gruppierte Ordner sehe ich eine alte Email aus einem Pop-Konto, Filter etc. sind nicht gesetzt.
Andere gruppierte Ordner funktionieren (Papierkorb, Gesendet etc.).
Das ganze entweder seit dem Update auf 3.0.5 oder seit dem Hinzufügen des Imap Kontos - war in etwas zeitgleich.