Sind die verschobenen Mails mit dem merkwürdigen roten Icon gekennzeichnet? Wenn nein, ist nicht der TB Junkfilter schuld. In Frage kommt dann der Provider ...
Das ließe sich prüfen, indem man mal zwei Tage o.ä. nicht den Thunderbird startet und stattdessen per Browser/WebInterface nachschaut, ob und welche neuen Mails im Spamverdacht-Ordner liegen.