Mit diesem AddOn kenne ich mich nicht aus, aber es geht auch ohne Tool:
Erstmal eine Sicherungskopie des neuen Profils anlegen.
Hast du im neuen Profil auf Dateisystemebene den Ordner ...\Mail\Local Folders\ gefunden?
Wenn ja, kannt du dort - bei beendetem Thunderbird! - nach und nach die endungslosen Dateien hineinkopieren .... schau halt nur, dass du sie u.U. vorher umbenennst, um keine schon vorhandenen Dateien zu überschreiben.
Thunderbird starten.
Im speziellen Konto "Lokale Ordner" müssten die ganzen hineinkopierten Ordner nun auftauchen.
Wieder eine Kopie des Profils machen
Nun kannst du nach und nach die Mails portionsweise dorthin kopieren, wo du sie eigentlch gern haben willst.
Stichproben machen!
Wenn alles fertig ist, ein paar Tage beobachten, ob wirklich nichts fehlt. Nd dann kannst du irgendwann (bei beendetem TB) die anfangs nach ...\Mail\Local Folders\ kopierten Dateien sowie die inzwischen angelegten gleichnamigen Dateien mit der Endung MSF löschen .....