Das Thema ist zwar schon alt, aber da sich da bisher meines Wissens nichts getan hat, habe ich ein script für Greasemonkey (https://addons.mozilla.org/de/firefox/addon/748/) geschrieben.
Es übersetzt Iso-formatierte Links in uncodierten Text, sodass man die Links in Thunderbird aus Firefox heraus öffnen kann. Anders formatierte Links sehen damit nicht mehr so hübsch aus, daher nur auf seiten anwenden, wo mans braucht.
Das Script ist hier:
http://userscripts.org/scripts/show/86058
Gruß banana