Nun schlussendlich konnte ich mein "Problem" doch noch mit dem AddOn ImportExport Tools lösen.
Das Problem bei ImportExport Tools ist ganz schlicht: Es kann keine Ordner mit .eml Dateien in IMAP Postfächer importieren. Man muss einen Umweg machen. Die Ordnerstruktur importiert man mit Import Export Tools ganz einfach in einen Lokalen Ordner in Thunderbird, danach kann man sie ganz einfach auf das IMAP per Drag and Drop hinauf schieben.
mfg dayyildiz