Hallo an alle,
irgendwie habe ich das Problem selbst in den Griff bekommen.
In den Konteneinstellungen bin ich für das jeweilige Postfach zu den Server-Einsellungen gegangen und hab den Pfad bei "Lokaler Ordner" nochmal händisch zugewiesen.
Vorher den Pfad rauskopieren, damit man weiß, welcher Ordner angesprochen werden soll.
Danach wird ein Thunderbird Neustart angeboten.
Jetzt sind alle meine Ordner wieder da